Divulgação da diversidade genética de peixes cavala (<i>Scomberomorus</i> spp.) em águas indonésias com base no gene mitocondrial da subunidade II da citocromo oxidase (COII)

Widayanti, R.; Limiano, J. B.; Sari, R. P.; Nugroho, S. D. L. S.; Ibrahim, A.; Pakpahan, S.; Nurjirana,

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Brazilian Journal of Biology

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Original Article • Braz. J. Biol. 84 • 2024 • https://doi.org/10.1590/1519-6984.278322 copiar

Divulgação da diversidade genética de peixes cavala (Scomberomorus spp.) em águas indonésias com base no gene mitocondrial da subunidade II da citocromo oxidase (COII)

Autoria SCIMAGO INSTITUTIONS RANKINGS

Resumo

O peixe cavala (Scomberomorus spp.) representa uma importante commodity da pesca marinha na Indonésia, caracterizada pelo seu alto valor comercial e conteúdo nutricional. Para entender as interações intraespecíficas e a variabilidade genética do Scomberomorus spp., é necessária uma pesquisa mais ampla das populações de Scomberomorus spp. Este estudo teve como objetivo explorar a diversidade genética do peixe cavala nas águas da Indonésia, com foco no gene mitocondrial do DNA (mtDNA) da subunidade II da citocromo oxidase (COII) que codifica a segunda subunidade da citocromo c oxidase (complexo IV), essencial para a respiração aeróbica e a transformação de energia. Foram utilizadas amostras de tecido muscular de 18 peixes cavala individuais, coletados de diversas regiões da Indonésia, incluindo Palembang, Cilacap, Rembang, Banjarmasin, Ambon e Regiões de Fak-Fak. O DNA genômico foi isolado e amplificado utilizando iniciadores específicos: CO2TF (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3') e CO2TR (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3'). Posteriormente, os amplicons obtidos foram submetidos a sequenciamento. Os dados de sequência foram então analisados usando o software MEGA 11 e DnaSP 6. Nossos resultados revelaram um total de 120 sítios variáveis dentro dos 691 pares de bases das sequências de mtDNA COII, resultando em uma diversidade de nucleotídeos (Pi) de 0,07169. Além disso, identificamos oito haplótipos distintos, demonstrando uma diversidade haplotípica (Hd) de 0,8889. Notavelmente, todas as amostras de peixe cavala de Palembang e Cilacap se agruparam em haplótipos distintos, especificamente haplótipo 1 e haplótipo 2, respectivamente. Nossa análise filogenética delineou três clados distintos. O Clado I, intimamente relacionado ao Scomberomorus cavalla, englobou todos os indivíduos de Ambon, Palembang, Rembang e um de Banjarmasin. O Clado II, associado ao Scomberomorus niphonius, incluiu indivíduos de Cilacap e dois de Banjarmasin. O Clado III, ligado ao Scomberomorus semifasciatus, consistiu exclusivamente de indivíduos de Fak-Fak (Papua). Em conclusão, as águas indonésias abrigam diversas variações genéticas dentro de Scomberomorus spp., e as relações populacionais com base no gene mtDNA COII apresentam complexidades notáveis. Futuros empreendimentos de pesquisa devem se concentrar em elucidar ainda mais a diversidade e as relações entre as populações de Scomberomorus spp. em diversas regiões da Indonésia.

Palavras-chave:
gene COX2; biodiversidade marinha; cavala; filogenia; Scomberomorus spp

Traits	Value
Sample number	18
Number of sites	691
G+C contents	0.4468
Number of invariable (monomorphic) sites	571
Number of variable (polymorphic) sites (S)	120
Nucleotide diversity (Pi)	0.07169
Number of haplotypes (h)	8
Haplotype diversity (Hd)	0.8889
Haplotype members:
Haplotype 1 (Hap 1)	5 (Palembang1, Palembang2, Palembang3, Rembang1, Banjarmasin1)
Haplotype 2 (Hap 2)	3 (Cilacap1, Cilacap2, Cilacap3)
Haplotype 3 (Hap 3)	1 (Rembang1)
Haplotype 4 (Hap 4)	2 (Rembang3, Ambon1)
Haplotype 5 (Hap 5)	2 (Banjarmasin2, Banjarmasin3)
Haplotype 6 (Hap 6)	2 (Ambon2, Ambon3)
Haplotype 7 (Hap 7)	2 (Papua1, Papua3)
Haplotype 8 (Hap 8)	1 (Papua2)

Sample	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18
Palembang1		0.000	0.000	0.015	0.015	0.015	0.000	0.001	0.003	0.000	0.015	0.015	0.003	0.002	0.002	0.014	0.014	0.014
Palembang2	0.000		0.000	0.015	0.015	0.015	0.000	0.001	0.003	0.000	0.015	0.015	0.003	0.002	0.002	0.014	0.014	0.014
Palembang3	0.000	0.000		0.015	0.015	0.015	0.000	0.001	0.003	0.000	0.015	0.015	0.003	0.002	0.002	0.014	0.014	0.014
Cilacap1	0.130	0.130	0.130		0.000	0.000	0.015	0.015	0.015	0.015	0.004	0.004	0.015	0.015	0.015	0.016	0.016	0.016
Cilacap2	0.130	0.130	0.130	0.000		0.000	0.015	0.015	0.015	0.015	0.004	0.004	0.015	0.015	0.015	0.016	0.016	0.016
Cilacap3	0.130	0.130	0.130	0.000	0.000		0.015	0.015	0.015	0.015	0.004	0.004	0.015	0.015	0.015	0.016	0.016	0.016
Rembang1	0.000	0.000	0.000	0.130	0.130	0.130		0.001	0.003	0.000	0.015	0.015	0.003	0.002	0.002	0.014	0.014	0.014
Rembang2	0.001	0.001	0.001	0.128	0.128	0.128	0.001		0.003	0.001	0.015	0.015	0.003	0.003	0.003	0.014	0.014	0.014
Rembang3	0.004	0.004	0.004	0.132	0.132	0.132	0.004	0.006		0.003	0.015	0.015	0.000	0.001	0.001	0.015	0.015	0.015
Banjarmasin1	0.000	0.000	0.000	0.130	0.130	0.130	0.000	0.001	0.004		0.015	0.015	0.003	0.002	0.002	0.014	0.014	0.014
Banjarmasin2	0.130	0.130	0.130	0.012	0.012	0.012	0.130	0.128	0.131	0.130		0.000	0.015	0.015	0.015	0.016	0.016	0.016
Banjarmasin3	0.130	0.130	0.130	0.012	0.012	0.012	0.130	0.128	0.131	0.130	0.000		0.015	0.015	0.015	0.016	0.016	0.016
Ambon1	0.004	0.004	0.004	0.132	0.132	0.132	0.004	0.006	0.000	0.004	0.131	0.131		0.001	0.001	0.015	0.015	0.015
Ambon2	0.003	0.003	0.003	0.134	0.134	0.134	0.003	0.004	0.001	0.003	0.133	0.133	0.001		0.000	0.014	0.014	0.014
Ambon3	0.003	0.003	0.003	0.134	0.134	0.134	0.003	0.004	0.001	0.003	0.133	0.133	0.001	0.000		0.014	0.014	0.014
Papua1	0.117	0.117	0.117	0.139	0.139	0.139	0.117	0.119	0.123	0.117	0.135	0.135	0.123	0.121	0.121		0.001	0.000
Papua2	0.119	0.119	0.119	0.139	0.139	0.139	0.119	0.121	0.125	0.119	0.135	0.135	0.125	0.123	0.123	0.001		0.001
Papua3	0.117	0.117	0.117	0.139	0.139	0.139	0.117	0.119	0.123	0.117	0.135	0.135	0.123	0.121	0.121	0.000	0.001

Location	1	2	3	4	5	6
Palembang		0.0148	0.0009	0.0099	0.0021	0.0137
Cilacap	0.1270		0.0147	0.0059	0.0148	0.0154
Rembang	0.0019	0.1270		0.0098	0.0015	0.0138
Banjarmasin	0.0849	0.0501	0.0855		0.0100	0.0130
Ambon	0.0034	0.1301	0.0031	0.0881		0.0139
Papua	0.1175	0.1359	0.1199	0.1275	0.1218

Individual	Sites
										1	1	1	1	1	1	2
	3	3	3	4	4	5	5	5	7	2	4	5	7	8	8	3
	3	6	7	6	7	0	2	3	2	9	4	2	0	7	9	0
Palembang1	L	A	L	V	S	L	N	S	I	A	I	I	I	S	P	A
Palembang2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Palembang3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Cilacap1	M	S	.	I	T	F	D	I	.	T	.	.	.	A	S	.
Cilacap2	M	S	.	I	T	F	D	I	.	T	.	.	.	A	S	.
Cilacap3	M	S	.	I	T	F	D	I	.	T	.	.	.	A	S	.
Rembang1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Rembang2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Rembang3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Banjarmasin1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Banjarmasin2	M	S	.	I	T	.	D	.	.	T	.	.	.	A	S	.
Banjarmasin3	M	S	.	I	T	.	D	.	.	T	.	.	.	A	S	.
Ambon1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Ambon2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Ambon3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Papua1	.	.	.	L	T	.	.	.	V	.	.	.	V	.	.	.
Papua2	.	.	.	L	T	.	.	.	V	.	.	.	V	.	.	.
Papua3	.	.	.	L	T	.	.	.	V	.	.	.	V	.	.	.
NC 008109 S. cavalla	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	.	.	.
NC 033531 S. concolor	.	T	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	V	.	.	.
NC 016420 S. niphonius	.	.	F	I	T	.	.	.	.	T	V	V	.	.	.	T
NC 021391 S. semifasciatus	.	.	.	L	T	.	.	.	V	.	.	.	V	.	.	.
NC 033887 S. sierra	.	T	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	V	.	.	.

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