Análise filogenética e similaridades genéticas de <i>Phyllidia</i> spp. comparadas à sequência de nucleotídeos dos genes 16S rRNA e citocromo c

Alqudah, A. A.

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Sumário

Original Article • Braz. J. Biol. 84 • 2024 • https://doi.org/10.1590/1519-6984.272732 copiar

Análise filogenética e similaridades genéticas de Phyllidia spp. comparadas à sequência de nucleotídeos dos genes 16S rRNA e citocromo c

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Resumo

Os nudibrânquios Phyllidiid são moluscos gastrópodes de cores vivas, frequentemente encontrados em recifes de corais do Indo-Pacífico tropical. Este estudo teve como objetivo identificar as semelhanças filogenéticas entre Phyllidia spp. As semelhanças filogenéticas entre todos os Phyllidia spp. disponíveis foram estudados comparando à sequência de nucleotídeos dos genes 16s rRNA e citocromo C (cox I). As sequências foram recuperadas dos bancos de dados NCBI e alinhadas usando o software Geneious. Uma árvore filogenética foi construída para as sequências recuperadas de Phyllidia spp. através do método de junção de vizinhos no software MEGA e as distâncias pareadas também foram calculadas. As semelhanças entre as sequências de nucleotídeos do 16s rRNA mostraram que P. elegans e P. haegeli apresentaram as maiores similaridades (99,92%) e as menores similaridades (99,14%) entre P. haegeli e P. picta. Enquanto as sequências de nucleotídeos de cox I apresentaram as maiores similaridades (99,90%) entre P. elegans e P. ocellata, e a de P. varicosa apresentou as menores similaridades 99,74% com P. koehleri e P. larryi. A análise filogenética molecular baseada no marcador mitocondrial indicou uma estreita relação entre P. elegans e P. alyta tanto na árvore filogenética cox I quanto 16s rRNA. A árvore filogenética do gene 16s rRNA demonstrou que P. ocellata está intimamente relacionado ao clado da espécie P. exquisita. A análise filogenética disponível pode ser útil para estudos posteriores de Phyllidiidae dentro de Nudibranchia.

Palavras-chave:
nudibrânquios; espécies de Phyllidia; 16s rRNA; genes do citocromo c; Geneious software

Species	Accession number	Reference	Collection locality
Phyllidia elegans	MZ964197.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia picta	MZ964164.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia coelestis	MN690289.1	Yin et al. (2019)	Singapore
Phyllidia ocellata	MZ964254.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia alyta	MZ817992.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia flava	ON212011.1	Furfaro et al. (2022)FURFARO, G., SCHREIER, C., TRAINITO, E., PONTES, M., MADRENAS, E., GIRARD, P. and MARIOTTINI, P., 2022. The sea slug Doriopsilla areolata Bergh, 1880 (Mollusca, Gastropoda) in the Mediterranean Sea: another case of cryptic diversity. Diversity, vol. 14, no. 4, p. 297. http://dx.doi.org/10.3390/d14040297. http://dx.doi.org/10.3390/d14040297...	Mediterranean Sea
Phyllidia babai	KX235918.1	Stoffels et al. (2016)STOFFELS, B.E.M.W., VAN DER MEIJ, S.E.T., HOEKSEMA, B.W., VAN ALPHEN, J., VAN ALEN, T., MEYERS-MUÑOZ, M.A., DE VOOGD, N.J., TUTI, Y. and VAN DER VELDE, G., 2016. Phylogenetic relationships within the Phyllidiidae (Opisthobranchia, Nudibranchia). ZooKeys, no. 605, pp. 1-35. PMid:27551210.	West Papua
Phyllidia koehleri	OQ206951.1	Cunha et al. (2023)	Maldives
Phyllidia larryi	KP871649.1.	Mahguib and Valdés (2015)	California
Phyllidia exquisite	MZ964208.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia varicosa	MZ964306.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia haegeli	MZ964205.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Scaphander lignarius.	MN433678.1	Siegwald et al. (2020)SIEGWALD, J., PASTORINO, G., OSKARS, T. and MALAQUIAS, M.A.E., 2020. A new species of the deep-sea genus Scaphander (Gastropoda, Cephalaspidea) from the Mar del Plata submarine canyon off Argentina. Bulletin of Marine Science, vol. 96, no. 1, pp. 111-126. http://dx.doi.org/10.5343/bms.2019.0069. http://dx.doi.org/10.5343/bms.2019.0069...	Argentina

Species	Accession number	Reference	Collection locality
Phyllidia elegans	AF430362.2	Valdés (2003)VALDÉS, Á., 2003. Preliminary molecular phylogeny of the radula-less dorids (Gastropoda: Opisthobranchia), based on 16S mtDNA sequence data. The Journal of Molluscan Studies, vol. 69, no. 1, pp. 75-80. http://dx.doi.org/10.1093/mollus/69.1.75. http://dx.doi.org/10.1093/mollus/69.1.75...	New California
Phyllidia picta	MN217677.1	Ompi et al. (2019)	Indonesia
Phyllidia coelestis	MK852557.1	Ompi et al. (2019)	Indonesia
Phyllidia ocellata	MZ955557.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia alyta	MT592804.1	Rajendra et al. (2022)RAJENDRA, S., DIXIT, S., NIGAM, N.K. and SIVAPERUMAN, C., 2022. Status and distribution of opisthobranchs of Great Nicobar Biosphere Reserve, India. In: C. SIVAPERUMAN, D. BANERJEE, B. TRIPATHY and K. CHANDRA, eds. Faunal ecology and conservation of the Great Nicobar Biosphere Reserve. Singapore: Springer, pp. 581-620.	India
Phyllidia flava	Not found^* * No sequence found for P. koehleri and P. flava.	__	__
Phyllidia babai	MZ955514.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia koehleri	Not found^*	__	__
Phyllidia larryi	KP871697.1	Mahguib and Valdés (2015)	Balearic Islands
Phyllidia exquisita	MZ955512.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Phyllidia varicosa	MK911031.1	Ompi et al. (2019)	Indonesia
Phyllidia haegeli	MZ955508.1	Papu et al. (2022)	Indonesia
Scaphander lignarius.	KJ845728.1	Masi et al. (2015)MASI, L., ADELFI, M.G., PIGNONE, D. and LARATTA, B., 2015. Identification of Doris verrucosa mollusc via mitochondrial 16S rDNA. Biochemical Systematics and Ecology, vol. 58, pp. 21-29. http://dx.doi.org/10.1016/j.bse.2014.10.009. http://dx.doi.org/10.1016/j.bse.2014.10....	Spain

Percentage identity %
Divergence		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11
	1		99.92	99.68	99.87	99.91	99.88	99.92	99.85	99.91	99.92	99.93
	2	0.08		99.73	99.86	99.91	99.92	99.98	99.86	99.92	99.93	99.94
	3	0.32	0.27		99.64	99.66	99.67	99.68	99.74	99.67	99.70	99.69
	4	0.13	0.11	0.36		99.88	99.89	99.88	99.87	99.86	99.90	99.89
	5	0.09	0.08	0.34	0.12		99.89	99.92	99.86	99.92	99.92	99.14
	6	0.12	0.08	0.33	0.11	0.11		99.91	99.85	99.92	99.91	99.90
	7	0.08	0.03	0.32	0.12	0.08	0.09		99.86	99.17	99.93	99.93
	8	0.15	0.14	0.26	0.13	0.14	0.15	0.14		99.85	99.86	99.85
	9	0.09	0.08	0.33	0.14	0.08	0.09	1.20	0.15		99.92	99.92
	10	0.08	0.07	0.30	0.10	0.08	0.09	0.07	0.14	0.08		99.94
	11	0.07	0.06	0.31	0.11	0.09	0.10	0.07	0.15	0.08	0.06

Percentage identity %
Divergence		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13
	1		99.69	99.71	99.72	99.70	99.73	99.70	99.70	99.70	99.70	99.64	99.69	99.66
	2	0.32		99.85	99.87	99.84	99.90	99.84	99.86	99.90	99.85	99.78	99.89	99.89
	3	0.29	0.15		99.86	99.84	99.87	99.85	99.86	99.82	99.82	99.77	99.83	99.86
	4	0.28	0.13	0.15		99.86	99.88	99.83	99.87	99.85	99.86	99.74	99.84	99.88
	5	0.30	0.16	0.16	0.15		99.87	99.82	99.85	99.85	99.85	99.77	99.84	99.88
	6	0.27	0.10	0.13	0.12	0.13		99.86	99.88	99.88	99.81	99.77	99.88	99.89
	7	0.30	0.16	0.15	0.17	0.18	0.14		99.82	99.82	99.82	99.74	99.82	99.81
	8	0.30	0.14	0.14	0.13	0.15	0.12	0.18		99.86	99.85	99.76	99.84	99.88
	9	0.30	0.10	0.18	0.15	0.15	0.12	0.18	0.14		99.84	99.76	99.95	99.85
	10	0.30	0.15	0.18	0.14	0.15	0.12	0.19	0.15	0.16		99.77	99.83	99.87
	11	0.36	0.22	0.23	0.26	0.23	0.23	0.26	0.24	0.24	0.23		99.75	99.83
	12	0.31	0.11	0.17	0.16	0.16	0.13	0.18	0.16	0.05	0.17	0.25		99.86
	13	0.34	0.11	0.14	0.13	0.12	0.11	0.19	0.12	0.15	0.13	0.17	0.14

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