Código de barras de DNA à base de CO1 para avaliar a diversidade de <i>Pteropus giganteus</i> do estado de Azad Jammu e Caxemira, Paquistão

Karamat, Sana; Ashraf, Nasra; Akhtar, Tasleem; Rahim, Faisal; Shafi, Nuzhat; Khalid, Saba; Shahid, Benish; Khawaja, Sundas; Rahim, Junaid; Majeed, Zahid; Lateef, Zahid; Mehmood, Majid

doi:10.1590/1519-6984.226466

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Brazilian Journal of Biology

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Original Article • Braz. J. Biol. 81 (3) • Jul-Sep 2021 • https://doi.org/10.1590/1519-6984.226466 copiar

Código de barras de DNA à base de CO1 para avaliar a diversidade de Pteropus giganteus do estado de Azad Jammu e Caxemira, Paquistão

Autoria SCIMAGO INSTITUTIONS RANKINGS

Resumo

A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

Palavras-chave:
Pteropodidae; evolução; mtDNA; genética de populações; diversidade de haplótipos; diversidade de nucleotídeos; raposa-voadora

S.no	Voucher no.	Sequence length	NCBI Acc. No	Collection Locality
1	P. giganteus COI B1	627	MK415806	District Bagh, AJK
2	P. giganteus COI B2	627	MK415807	District Bagh, AJK
3	P. giganteus COI M1	627	MK415808	District Muzaffarabad, AJK
4	P. giganteus COI M2	627	MK415809	District Muzaffarabad, AJK
5	P. giganteus COI M3	627	MK415810	District Muzaffarabad, AJK

No	Species Code	BOLD	Similarity (%)	Genbank/BLAST	Similarity (%)	Accession number
No	Species Code	Species identification	Similarity (%)	Species identification	Similarity (%)	Accession number
1	PG-B1	Pteropus giganteus	100	Pteropus giganteus	100	KT291772.1
2	PG-B2	Pteropus giganteus	100	Pteropus giganteus	100	KT291772.1
3	PG-M1	Pteropus giganteus	99.84	Pteropus giganteus	100	KT291772.1
4	PG-M2	Pteropus giganteus	99.84	Pteropus giganteus	100	KT291772.1
5	PG-M3	Pteropus giganteus	99.84	Pteropus giganteus	100	KT291772.1

	1	2	3	4
P. giganteus COI B1
P. giganteus COI M3	0.200
P. giganteus COI B2	0.000	0.200
P. giganteus COI M1	0.200	0.000	0.200
P. giganteus COI M2	0.200	0.000	0.200	0.000

		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19
1	Pteropus giganteus COI B1
2	C. abrasus COI (JN312044.1)	0.36
3	C. paranus COI (JF447634.1)	0.6	0.03
4	C. planirostris COI(EF080319.1)	0.89	0.14	0.04
5	P. giganteus COI M3	0	0.33	0.56	0.84
6	P. giganteus CO1 (KT291772.1)	0	0.36	0.6	0.89	0.01
7	P. giganteus COI (JX500416.1)	0.04	0.15	0.33	0.57	0.03	0.04
8	P. lylei C01 (HM541305.1)	0.01	0.51	0.79	1.12	0.02	0.02	0.1
9	P. lylei CO1 (HM541302.1)	0.01	0.51	0.79	1.12	0.02	0.01	0.1	0
10	P. lylei CO1 (HM541303.1)	0.01	0.37	0.61	0.9	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01
11	P. lylei CO1 (HM541304.1)	0.01	0.35	0.59	0.86	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01
12	P. lylei CO1 (HM541307.1)	0.01	0.35	0.59	0.86	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0
13	P. lylei CO1 (KP975224.1)	0.01	0.35	0.59	0.86	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0	0
14	P. lylei CO1 (KP975225.1)	0.01	0.35	0.59	0.86	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0	0	0
15	P. vampyrus CO1 (HM541308.1)	0.01	0.33	0.57	0.88	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01
16	P. vampyrus CO1 (HM541309.1)	0.01	0.26	0.47	0.72	0.01	0.01	0.02	0.04	0.04	0.01	0	0.01	0.01	0.01	0.01
17	P. vampyrus CO1 (HM541309.1)	0.01	0.26	0.47	0.72	0.01	0.01	0.02	0.04	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01
18	P. giganteus COI B2	0	0.36	0.6	0.89	0.01	0	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01
19	P. giganteusCOI M1	0.01	0.33	0.56	0.84	0	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01
20	P. giganteus COI M2	0.01	0.33	0.56	0.84	0	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0

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