AS FLUTUAÇÕES climático-vegetacionais causadas pelos ciclos astronômicos de Milan-kovitch provocaram mudanças globais na distribuição de florestas tropicais e demais vegetações não-florestais antes e durante o Cenozóico (Terciário-Quaternário). Os biomas continentais de florestas e vegetações não-florestais mudaram continuamente sua distribuição durante o seu passado geológico, fragmentando-se em blocos isolados, expandindo-se e juntando-se novamente sob condições climáticas alternadas entre secas e úmidas. Entretanto, durante as diversas fases climáticas, comunidades de plantas e animais fragmentaram-se e as espécies mudaram suas distribuições de maneira individual. Existem, para o Quaternário, dados de campo indicando mudanças na vegetação da Amazônia. A teoria dos Refúgios postula a persistência de grandes manchas de florestas tropicais úmidas durante os períodos secos do Terciário e do Quaternário, especialmente aquelas localizadas próximo de superfícies rebaixadas, sobretudo nas porções periféricas da Amazônia. Essas áreas são, provavelmente, a origem de muitas espécies e subespécies de plantas e animais existentes hoje em dia. Os "refúgios" úmidos podem ter sido separados por vários tipos de savana e florestas secas, como também por outros tipos de vegetação intermediária de climas sazonalmente secos. A quantidade e o tamanho dos refúgios durante os diferentes períodos de seca continuam desconhecidos. Indícios biogeográficos da existência de refúgios florestais anteriores incluem áreas de endemismo e zonas de contato entre espécies e subespécies de pássaros e outros animais da floresta amazônica nitidamente definidos. Essas áreas representam zonas de distinta descontinuidade biogeográfica num ambiente florestal contínuo. Modelos alternativos para a formação de barreiras na Amazônia que conduzem à especiação alopátrica incluem as seguintes hipóteses: do Rio, dos Refúgios do Rio, da Densidade do Dossel, da Perturbação da Vicariânia, do Museu e várias hipóteses paleogeográficas, das quais alguns aspectos poderiam ser aplicáveis a certos períodos na evolução da biota.
