Em um inquérito sorológico realizado em 432 equinos da região do Pantanal, território brasileiro, foram detectados anticorpos neutralizantes para os vírus EEE (6,7%), WEE (1,2%), ILH (26,6%), MAG (28,2%) e TCM (15,7%). Detectou-se também em um cavalo com um quadro clínico de encefalite um aumento de 4 vezes no título de anticorpos fixadores de complemento para EEE em soros coletados nas fases aguda e convalescente da doença. Cavalos com menos de 2 anos de idade apresentaram anticorpos neutralizantes para EEE, ILH, MAG e TCM, indicando circulação recente desses vírus no Pantanal. Os achados justificam intensificar esses estudos na região com tentativas de isolamento de vírus de animais apresentando manifestações clínicas de encefalite.