Os objetivos deste estudo foram detectar a presença de herpesvírus humanos (HHVs) na saliva de crianças infectadas pelo HIV, em comparação com controles saudáveis e avaliar a associação entre infecção viral, gengivite e imunodeficiência. Para este fim, foram colhidas amostras de saliva de 48 crianças HIV-positivas e 48 controles saudáveis. O índice gengival e extensão de gengivite foram determinados por um dentista treinado. Informações clínicas e laboratoriais foram obtidas durante a consulta odontológica e dos registros médicos. As amostras de saliva foram testadas para detecção de vírus herpes simplex tipos 1 e 2 (HSV-1 e HSV-2), vírus da varicela-zoster (VVZ), vírus Epistein-Barr (EBV) e citomegalovírus (CMV) através de nested-PCR. Trinta e cinco crianças HIV-positivas e 16 crianças do grupo controle apresentavam gengivite. Dezessete (35,4%) crianças HIV-positivas e 13 (27%) crianças controle testaram positivo para a presença de HHVs. CMV foi o vírus mais comum detectado em ambos os grupos (25% HIV-positivas e 12,5% de controle), seguido por HSV-1 (6,2% de ambos os grupos) e HSV-2 (4,2% HIV-positivas e 8,3% de controle). Não houve associação entre a detecção de HHVs na saliva e a presença de gengivite em ciranças HIV-positivas (p = 0.104) ou crianças saudáveis (p = 0,251), ou com imunossupressão em indivíduos HIV-positivos (p = 0,447). Foi observada uma correlação entre a infecção por HIV e a presença de gengivite (p = 0,0001). Os resultados sugerem que a detecção salivar assintomática de HHVs é comum entre crianças HIV-positivas e crianças saudáveis, e não está associada à gengivite.