Se o desmatamento de grandes áreas no Amazonas resultar numa redução do fluxo de água evaporativa, ou a queda na evaporação é compensada localmente por uma redução na chuva, ou então a mudança no equilíbrio da humidade refletir-se-á na direção do vento,na floresta ainda não perturbada. A questão crucial é quando ocorrerão as chuvas. Sugere-se que o aparecimento de nuvens e ocorrência de chuvas são primordialmente determina dos pela interação dos parâmetros geográficos locais, meteorológicos e físicos, com a estrutura da estabilidade atmosférica, exceção feita a alguns períodos bem definidos quando a chuva é dominada em larga escala por uma instabilidade atmosférica. Isto significa que o estudo destes fenômenos (balanço térmico local, estudos sobre o mecanismo de formação de nuvens, estabilidade atmosférica vertical, etc.) deve ser feito de acordo com a extensão das nuvens, no máximo a algumas dezenas de quilômetros.