O rio Paraguaçu origina-se nas encostas úmidas da Chapada Diamantina e atravessa grande parte do estado da Bahia até desembocar na baía de Todos os Santos. Neste trabalho foi caracterizada a composição da ictiofauna do alto curso do rio Paraguaçu na região da Chapada Diamantina. Para isso, foram realizadas duas excursões de coleta, nas estações seca e chuvosa, onde 36 localidades foram amostradas. Um total de 63 espécies foi coletado e as análises multivariadas indicaram a maior influência de fatores como a ordem do canal e a altitude em relação ao número de espécies registradas. O número de espécies em cada excursão foi equivalente nas estações seca e chuvosa sugerindo pouca influência da sazonalidade na ictiofauna do alto curso do Rio Paraguaçu.