A presença de enzima de restrição na mistura de transformação aumentou a eficiência da transformação em Moniliophthora perniciosa. A influência da forma do vetor (linear ou circular), o padrão de integração do plasmídeo nos sítios genômicos e a influência do promotor usado para expressar o gene marcador foram também analisados. A adição de BamHI ou NotI aumentou o número de transformantes 3-10 vezes e 3 vezes, respectivamente, em relação ao controle sem a adição da enzima. O uso de plasmídeos pré-linearizados não aumentou a eficiência da transformação quando comparado à eficiência obtida com plasmídeos circulares. No entanto, a freqüência de transformantes multi-cópias aumentou significativamente. Juntos os procedimentos reportados aqui resultaram em processos mais eficientes de produção de protoplastos e transformação, onde o tempo necessário para o aparecimento dos transformantes e o número de inserções múltiplas foi reduzido.