O presente trabalho teve como objetivo verificar a diversidade genética entre cepas de Trypanosoma cruzi circulantes em pacientes chagásicos crônicos no estado do Paraná. Foram selecionados 50 pacientes com clínica compatível (cardiopatia, megacolo e/ou megaesôfago) e que apresentaram reação sorológica positiva para T. cruzi. Foram isoladas seis cepas do protozoário em hemocultura e identificadas por eletroforese em gel espesso de amido com auxílio de 14 isoenzimas (6PGD; G6PD; ME¹; ME²; ICD; PGM; GPI; GOT¹; GOT²; NP¹; NP²; DIA; MPI e FH). A análise estatística foi realizada pelos programas NTSYs e TFPGA. Oitenta e quatro eletromorfos foram individualizados sendo que quatro isoenzimas (ICD, GPI, 6PGD, e PGM) apresentaram compatibilidade para heterozigose. A análise fenética evidenciou a hipótese de uma evolução constante (distâncias genéticas = 0,0536 a 0,1429, Hardy-Weinberg = 1,0000 a 0,0769 e diferenciação por exatos testes = 1,0000 a 0,0658). Uma grande diversidade genética intra-específica em Trypanosoma cruzi foi verificada nos isolados obtidos em humanos. È indispensável conhecer se há ou não inter-relação entre o ciclo doméstico e ciclo silvestre deste protozoários.
