Eutrofização em ecossistemas limnéticos tropicais e a conseqüente formação de cianobactérias causam prejuízo econômico à produção pesqueira e efeitos danosos à saúde publica. A mortalidade em massa de peixes devido à produção de cianobactérias tóxicas foi registrada em Dezembro 2003 na Barragem Marechal Dutra, Acari/RN, nordeste Brasileiro. Amostras de fitoplâncton e de peixes foram realizados em dias alternados durante o episódio de mortalidade em massa dos peixes e mensalmente durante Janeiro a Junho de 2004. A toxina das cianobactérias, presente no seston e no fígado dos peixes mortos, foi identificada e quantificada, utilizando o método HPLC padronizado. Os resultados indicaram que a produção de toxinas de Cylindrospermopsis raciborskii e Microcystis aeruginosa foram persistentes por duas semanas e representaram 90% da composição de espécies de fitoplâncton Os peixes afetados letalmente foram Oreochromis niloticus, Plagioscion squamosissimus, Cichla monoculus, Prochilodus brevis, Hoplias malabaricus e Leporinus friderici. Os níveis de microcistinas variaram entre 0,07 a 8,73µg L-1 nas amostras do seston e 0,01 a 2,59µg g-1 nas amostras no fígado dos peixes, durante o período de aflorescimento.
