Nós correlacionamos padrões limnológicos com alguns aspectos físicos e biológicos encontrados em dez lagoas do Norte do Pantanal de Mato Grosso. A conectividade com o rio Cuiabá e a existência de macrófitas flutuantes foram determinantes para o agrupamento dessas lagoas em categorias. Nós também tentamos determinar o tipo de nutriente limitante na produção fitoplantônica dessas lagoas. Os dados foram obtidos pela amostragem de nove lagoas durante a estação chuvosa em janeiro de 2004 e a dinâmica de nutrientes e da clorofila a presentes na água foi acompanhada numa décima lagoa durante a estação seca de junho a outubro de 2004. A biomassa fitoplantônica foi significativamente associada com a concentração de nitrogênio durante as estações chuvosa e seca. Todas as lagoas amostradas são potencialmente limitadas por nitrogênio, com uma forte relação negativa entre a biomassa de clorofila a e a concentração de amônia durante a estação seca. O período de seca também apresentou aproximadamente 3 vezes mais biomassa de clorofila a do que o período das chuvas.