O nível e a distribuição da variação em populações silvestres de cacau é pouco conhecido. Para a sua avaliação coletaram-se, em quatro bacias hidrográficas, 64 progênies (320 cacaueiros), as quais foram avaliadas para 15 características de fruto e semente. Análises univariadas de variância evidenciaram significante variação entre progênies e bacias. A análise multivariada revelou que a diferenciação entre as populações está estruturada por bacias. Uma vez que a maior parte da variação concentrou-se entre cacaueiros dentro de bacias e entre bacias, para se otimizar o processo de coleta de germoplasma deve-se coletar muitos cacaueiros procedentes de poucas progênies e muitas bacias. Esses resultados validam os esforços de coleta de germoplasma feitos até o presente para preservar os recursos genéticos de cacau e fornecem subsídios para o entendimento da estrutura genética visando a coleta, o manejo e o melhoramento do cacaueiro.
