Na intenção de reduzir nutrientes e microrganismos das águas de rio, foi estudado um processo alternativo de tratamento, como o sistema construído de áreas alagadas (CWs), em escala de laboratório. Os parâmetros analisados em diferentes pontos do sistema utilizado foram amônia, demanda bioquímica de oxigênio (DBO), demanda química de oxigênio (DQO), cloretos, cor aparente, condutividade, oxigênio dissolvido, magnesium (Mg), sodium (Na), potassium (K), silicium (Si), fósforo total, coliformes totais e Escherichia coli, sólidos totais dissolvidos (TDS), turbidez e biomassa da macrófita. Os resultados demonstraram que este sistema alternativo de tratamento de água do rio Corumbataí foi eficiente na remoção dos microrganismos: coliformes totais e Escherichia coli dentre outros parâmetros analisados, em diferentes tempos de tratamento, promovendo melhoria acentuada na qualidade da água tratada.