A ocorrência de florações de cianobactérias tóxicas demanda um melhor entendimento da variabilidade genética como um instrumento auxiliar na identificação de espécies colaborando, assim, com o monitoramento de águas destinadas ao abastecimento público. Este estudo objetivou o conhecimento do polimorfismo genético de linhagens tóxicas e não tóxicas de espécies de Microcystis (Cyanobacteria), isoladas de diversas localidades brasileiras, utilizando a técnica molecular RFLP-PCR para o operon que codifica para a c-ficocianina e seu espaçador intergênico (cpcBA-IGS). Foram analisadas dezoito linhagens pertencentes as espécies Microcystis aeruginosa, M. panniformis, M. protocystis, M. wesenbergii e duas outras não identificadas através de dados morfológicos e moleculares. Os resultados moleculares formaram três agrupamentos com baixos valores de similaridade entre si os quais não foram relacionados à origem geográfica, toxicidade ou morfoespécies. As populações brasileiras de Microcystis spp. apresentaram alta diversidade genética quando comparadas com as da Austrália, Japão, Estados Unidos e Europa. Esta ampla diversidade genética pode ser vislumbrada através de diversos perfis eletroforéticos obtidos entre linhagens de uma mesma espécie. Nós encontramos a presença de linhagens tóxicas e não tóxicas em uma mesma espécie, como em M. aeruginosa.
