O coronavírus bovino (BCoV) pode causar diarreia aguda em bezerros recém-nascidos, ocasionando consideráveis perdas econômicas para a pecuária bovina. Várias técnicas de diagnóstico podem ser empregadas na detecção do BCoV a partir de amostras fecais de bezerros. Porém, o isolamento do BCoV em cultivo celular apresenta a vantagem de possibilitar a caracterização antigênica e molecular da estirpe viral. O presente estudo descreve o isolamento em células HRT-18, e a caracterização molecular de estirpes brasileiras do BCoV. Três amostras de fezes diarreicas de bezerros com 30 dias de idade foram inoculadas em culturas de células HRT-18. Os isolados foram avaliados por hemaglutinação (HA) e por uma semi-nested PCR seguida de RFLP e sequenciamento. Duas amostras foram isoladas e a confirmação foi verificada na semi-nested PCR e também RFLP. Na HA os títulos foram de 16 e 32 unidades por 25 mL. Análises moleculares identificam a estirpe adaptada em cultura celular e uma estirpe selvagem, como estirpes de BCoV semelhantes (99%) entre si, mas distintas das circulantes em outros países, mesmo em um gene de uma proteína conservada (gene N).