A diversidade da vida se expressa de modo extraordinário nos ecossistemas aquáticos. A bacia do alto rio Uruguai é um exemplo desta condição, onde há registro de mais de 100 espécies de peixes. A compreensão das diferenças genéticas entre as diversas populações nativas é fundamental para a manutenção de seus estoques. A variabilidade genética de quatro espécies de peixes (Pimelodus maculatus, Prochilodus lineatus, Salminus brasiliensis e Steindachneridion scripta) coletadas na bacia do alto rio Uruguai foi analisada utilizando-se a técnica de RAPD. Obteve-se um total de 118 fragmentos amplificados, sendo 11 para P. maculatus, 29 para P. lineatus, 45 para S. brasiliensis e 33 para S. scripta. Fragmentos de caráter monomórfico não foram encontrados para as espécies estudadas, com exceção de S. brasiliensis de Saltinho que apresentou sete bandas monomórficas para estes indivíduos. As análises estatísticas mostraram altos níveis de variabilidade genética entre os indivíduos das espécies estudadas.
