O objetivo do estudo foi monitorar tratamentos de canais radiculares (TCR) convencionais e com auxílio de cirurgia periapical. Este estudo prospectivo constituiu de 80 pacientes portadores de infecções primárias e secundárias persistentes e periodontite apical (PA). O índice periapical utilizando tomografia computadorizada de feixe cônico (CBCTPAI) foi utilizado como auxiliar no diagnóstico, planejamento e para determinar a melhor estratégia terapêutica. Apenas 40 pacientes retornaram para o TCR. Em 20 pacientes (26 dentes) com diagnósticos de infecções primárias e PA foram feitos TCR convencionais e monitoramentos por 10 a 36 meses. Em 20 pacientes (31 dentes) com diagnósticos de infecções secundárias persistentes foram submetidos a procedimentos cirúrgicos e acompanhamentos durante 6 a 30 meses. Os resultados mostraram TCR bem sucedidos em 19 de 26 casos, com curas completas das PA (5 de 26 com reparação parcial) em controles de 10 a 36 meses. Para os casos de tratamentos cirúrgicos foram detectadas eficácias das terapêuticas cirúrgicas em 10 de 31 casos com curas completas (10 de 31 casos com reparação parcial) em controles de 6 a 30 meses. O retorno dos pacientes para controle clínico e radiográfico e a obediência ao período de tempo proposto está muito aquém do ideal. Os níveis de sucesso em ambos os protocolos terapêuticos se mostraram elevados. Fracassos no TCR foram detectados mesmo utilizando protocolo clínico com rigoroso padrão.