Este estudo utilizou a tomografia computadorizada (TC) para comparar o transporte do canal radicular nos canais mésio-vestibulares de molares superiores preparados por diferentes técnicas. Sessenta molares superiores foram divididos em 3 grupos (n=20) de acordo com a técnica utilizada para o preparo do canal radicular: instrumentação manual com limas K-Flexofile, limas K-Flexofile acopladas a um sistema oscilatório e sistema rotatório ProTaper. Imagens de TC pré e pós-instrumentação foram obtidas 3 mm aquém do forame apical e superpostas para comparar o transporte do canal. Os dados foram analisados estatisticamente pela Análise de Variância (ANOVA) e Teste de Tukey utilizando o software SPSS (α=0,05). Na direção vestibular, a técnica manual produziu significantemente menos transporte do canal radicular do que a técnica oscilatória (p<0,05) e ambas foram similares a técnica rotatória (p>0,05). Nas direções distal e disto-palatina, a técnica oscilatória produziu mais transporte do canal radicular (p<0,05). Na direção mésio-palatina, a técnica oscilatória produziu mais transporte do canal radicular do que a técnica manual (p<0,05), sendo que ambas foram similares à técnica rotatória (p>0,05). Em conclusão, todas as técnicas produziram transporte do canal radicular e a técnica oscilatória produziu os maiores desgastes de dentina na direção interna da curvatura.