Uma amostra de 101 exemplares de Ctenomys minutus foi coletada ao longo de sua distribuição geográfica e apresentou oito cariótipos (2n = 42, 45, 46a, 46b, 47,48, 49 e 50). Os polimorfismos cromossômicos deveram-se a rearranjos Robertsonianos e fusões in tandem. A distribuição dos polimorfismos evidenciou três blocos populacionais: ao norte (2n = 49 e 50), no centro (2n = 46a, 47 e 48) e ao sul (2n = 42, 45 e 46b). Estes dados sugerem que esta espécie está passando por um processo de especiação devido ao isolamento geográfico.
