Exames no microscópio electrônico de preparações feitas pelo método do «dipping», de plantas infetadas com o vírus do mosaico comum da mandioca (VMCM), demonstraram a presença de partículas alongadas e flexíveis, com 13mμ de diâmetro e cêrca de 500mμ de comprimento normal (CN) nas plantas infetadas, mas não nas sadias (contrôles). Partículas similares, em grande quantidade, foram as únicas presentes em preparações altamente purificadas e infetivas. Essas partículas, quando contrastadas negativamente, não mostraram possíveis detalhes ultra-estruturais. Medições comparativas entre o VMCM e o vírus X da batatinha (VXB), que se assemelham morfològicamente, demonstraram que o CN do VMCM foi consistentemente menor que o do VXB em cêrca de 17 mμ. Em testes serológicos cruzados, com antissôro para VMCM e VXB de títulos relativamente altos (1/4096), nenhum grupo antigênico aos dois vírus pôde ser demonstrado. Devido à morfologia das partículas, o VMCM pode ser incluído entre os vírus relacionados com o VXB, dos grupos 4 a 6 da classificação dos vírus de planta de forma alongada, proposta por Brandes e Wetter. As partículas dêsses vírus têm sido descritas como filamentosas e flexíveis, de CN entre 480 e 580 mμ. A pequena mas perceptível diferença na morfologia, o fato de que grupos antigênícos comuns não puderam ser demonstrados, e as grandes diferenças no comportamento em relação às moléstias causadas pelo VMCM e o VXB, indicam não serem êles proximamente relacionados. O VMCM poderia ser considerado como uma entidade distinta dentro do grupo taxonômico dos vírus de planta alongados, representado pelo VXB.