NESTE ARTIGO tenta-se estabelecer algumas interpretações teóricas para os conceitos de auto-organização e complexidade em sistemas biológicos, utilizando-se idéias originárias da Teoria da Informação e da Teoria dos Sistemas Dinâmicos. Além disso, apresenta-se um exemplo de aplicação dos métodos propostos ao problema da caracterização do grau de organização do ciclo vigília-sono em bebês.