Hoplias malabaricus, a traíra, colonizou o Rio Iguaçu nas últimas décadas. Numa tentativa de determinar os níveis de diferenciação genética deste taxon nominal em bacias vizinhas, assim como a origem da população colonizadora, foram analisados os padrões de similaridade de marcadores genômicos do tipo randomly amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) de amostras dos rios Paraná, Iguaçu, e Tibagi. As amostras do Paraná e do Tibagi apresentaram elevados índices de diversidade genética, os quais sugerem a ocorrência de espécies diferentes nestes rios. Todos os alelos presentes na população da cabeceira do rio Tibagi ocorreram também na amostra do rio Iguaçu. Esta semelhança permite-nos sugerir que a população da cabeceira do rio Tibagi (ou alguma população com características genéticas semelhantes) possa ser a origem da população amostrada no rio Iguaçu.