Foram realizados estudos citogenéticos e morfométricos de quatro populações de peixes characídeos, designados de" complexo" de Astyanax scabripinnis, pertencentes a três bacias hidrográficas diferentes: bacia do Ivaí (populações A e B), do Paranapanema (população C) e do Paraná (população D). A análise cariotípica mostrou um número diplóide de 2n = 48 cromossomos para a população B e de 2n = 50 cromossomos para as demais populações. Todas as populações analisadas diferiram na composição cariotípica e no padrão de banda C. A análise de variável canônica, aplicada aos dados morfométricos, revelou que: 1) as quatro populações estudadas foram totalmente discriminadas entre si, e 2) os coeficientes que mais contribuíram para isto foram o comprimento padrão, distância rostro-dorsal, diâmetro do olho e comprimento do focinho. Portanto, estes resultados indicam que as diferenças cariotípicas foram acompanhadas pelas diferenças morfológicas nas populações e contribuíram para o problema da sistemática do "complexo" A. scabripinnis.