Técnicas de análise por alozimas e DNA polimórfico aleatoriamente amplificado (RAPD) foram comparadas quanto a sua utilidade para estudos genéticos e taxonômicos em populações de Prosopis glandulosa e P. velutina. Isozimas e RAPD deram estimativas igualmente elevadas de variabilidade genética. A estrutura genética e a diferenciação foram analisadas pelo índice F DT não hierárquico de Wright (1978). Para todas as populações consideradas, ambos os marcadores produziram estimativas baixas do fluxo de genes (Nm < 1). Quando apenas as populações de P. glandulosa foram analisadas, os dados de isozima deram estimativas do fluxo gênico mais elevadas (Nm > 1), em concordância com o esperado para populações co-específicas. Contudo, com os dados de RAPD a redução esperada em F DT e o aumento em Nm não foram observados. A correlação entre F DT e as matrizes de distância geográfica (teste de Mantel) para todas as populações foi significante (P = 0,02) quando baseada em isozimas, mas não tanto (P = 0,33) quando baseada em RAPD. Não foram observadas associações significantes entre variáveis genéticas e geográficas ou climáticas. Dois sistemas isoenzimáticos (GOT e PRX) possibilitaram a distinção entre P. glandulosa e P. velutina, mas não foram detectadas por RAPD bandas diagnósticas para o reconhecimento de populações ou espécies aqui estudadas. Contudo, os marcadores de RAPD mostraram valores mais elevados para a diferenciação genética entre populações co-específicas de P. glandulosa e um coeficiente de variação menor do que aqueles obtidos a partir de isozimas.
