Variabilidade apresentada por proteínas e pelo DNA mitocondrial tem sido utilizada em estudos populacionais de peixes. A obtenção de tecido para análise eletroforética de proteína e DNA mitocondrial muitas vezes requer a morte dos indivíduos. No presente trabalho, nós apresentamos uma técnica modificada para biopsia de tecido muscular sem a morte dos animais. Oitenta Pirapitingas-do-sul (Brycon opalinus) foram biopsiadas pela presente técnica, não tendo sido observado mortalidade. O DNA total foi extraído do tecido muscular e digerido com as enzymas de restrição ApaI e HpaI. Os fragmentos de DNA mitocondrial foram hibridizados com sondas de DNA mitocondrial de pirapitinga-do-sul marcadas com P32. A técnica descrita pode ser útil em estudos genéticos em peixes.