As doenças causadas por protozoários afetam hoje em dia uma grande parcela da população mundial, provocando muitas mortes e exercendo grande influência na qualidade de vida e no desenvolvimento de muitos países. Essas doenças afetam principalmente países pobres e por isso, a pesquisa e o desenvolvimento de novos fármacos são negligenciados. De fato, a maioria das drogas usadas no tratamento dessas doenças data de décadas passadas e apresentam muitas limitações, incluindo o aparecimento da resistência às drogas. Este artigo tem como foco os mais recentes desenvolvimentos publicados no campo de patentes, entre 2001-2008, com especial atenção a promissores compostos atuando contra tripanossomíase, leishmaniose, malária, toxoplasmose, amebíase, giardíase, balantidíase e pneumocistose.