Embora com pouca atividade humana, as concentrações de Hg na bacia do Rio Negro são relativamente altas. A presença natural de Hg em solos e a deposição atmosférica são as principais fontes deste metal. O balanço entre fluxos invasivos e evasivos sugerem o seu acúmulo no interior da bacia em 39.9 t ano-1. O tipo de solo, fonte de metal para os rios, e o ciclo hidrológico com períodos de cheia e seca atuam sobre a química redox das águas. A conjunção sazonal de fatores como a natureza da matéria orgânica, pH ácido e radiação solar permitem que as águas pretas oscilem de redutora a oxidante, onde, por sua vez, ocorre o consumo de Hg0 e degradação do metilmercúrio. Deste modo, o fluxo do mercúrio pode ser invasivo ou evasivo. Embora a metilação seja mais favorecida em águas pretas, a fotodegradação do metilmercúrio se contrapõe ao seu acúmulo, contribuindo para regular o estoque deste composto na coluna água.