Potenciais Moleculares de Interação (PIMs) são frequentemente utilizados na comparação de séries de compostos que apresentam funções biológicas relacionadas. Esses potenciais representam as energias de interação entre os compostos de interesse e sondas químicas apropriadas. As energias de interação são calculadas computacionalmente em uma grade de pontos onde os compostos estão justapostos. É necessário que se efectuem análises comparativas objectivas e detalhadas das distribuições dos PIMs dentro do contexto de estudos de estrutura-atividade. Por outro lado, estudos baseados em PIMs não precisam estar restritos a séries de ligantes, pois este tipo de estudos também abre novas perspectivas na análise e comparação de macromoléculas biológicas. Essas análises podem ser melhoradas pela aplicação de novos métodos e procedimentos computacionais. Um novo programa de computador chamado MIPSim foi desenvolvido recentemente com o objetivo de analisar e comparar distribuições de MIPs de séries de biomoléculas. Este programa está integrado em outros como GAMESS ou GRID, que podem ser usados para o cálculo de potenciais que serão analizados e comparados. O programa MIPSim incorpora várias definições de coeficientes de similaridade e combina várias medidas de similaridade em uma só. Além disso, através deste programa pode-se explorar, automaticamente, os alinhamentos de similaridade máxima entre pares de moléculas.
