Este estudo concentra-se nos sistemas estuarinos tropicais de Mundaú-Manguaba (MMELS) e do Rio Paraíba do Sul (PSR), ambos no Brasil e afetados por práticas da monocultura da cana-de-açúcar e por urbanização. Os níveis de 17 hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs), 16 dos quais são classificados como poluentes prioritários para estudos ambientais pela US-EPA e o perileno (HPA biogênico) foram avaliados nos sedimentos superficiais para identificar fontes da poluição e determinar níveis base como estratégias para gerenciamentos futuros. O Σ16HPAs variou de 2,90 a 231,30 μg kg-1 em MMELS e de 87,10 a 9344,29 μg kg-1 no PSR. As relações entre HPAs isômeros sugeriram principalmente fontes de origem pirogênica.