Este estudo descreve as mudanças na especiação de Hg nas águas da Baía de Sepetiba, SE, Brasil, ao longo do gradiente estuarino, durante eventos de maré em diferentes estações. A avaliação química das águas da baía indicou uma exportação de material particulado em suspensão (MPS) pobre em carbono orgânico para a plataforma continental adjacente, principalmente durante a estação chuvosa e uma importação de MPS oceânico rico em carbono orgânico, provavelmente de origem fitoplanctônica, durante a estação seca. A especiação química do Hg demonstrou que a produção de Hg0 na Baía de Sepetiba pode ser controlada pela produtividade primária, e que a baía atua como produtora e exportadora de formas orgânicas de Hg para as áreas adjacentes, já que as maiores concentrações de Hg não-reativo foram encontradas durante a maré vazante. Não foram observadas correlações significantes entre as concentrações de Hg não-reativo e carbono orgânico dissolvido ou particulado. Em geral, as frações de Hg particulado, Hg não-reativo e Hg reativo representam 55%, 35% e 9,5% do conteúdo total de Hg nas águas da Baía de Sepetiba, respectivamente.