O repertório de drogas disponível para o combate de doenças causadas por protozoários, tais como a doença de Chagas, leishmaniose e doença de sono, é deploravelmente inadequado. Atualmente, os projetos de seqüenciamento genômico e genoma estrutural elucidam rapidamente novos alvos terapêuticos, proporcionando com isso oportunidades extraordinárias para os químicos medicinais. Aqui nós ilustramos a utilidade do "desenho de drogas baseado na estrutura" nesse processo, utilizando como exemplo nossos esforços para bloquear seletivamente a glicólise em tripanosomatideos.