Neste trabalho, substâncias húmicas foram extraídas de amostras de água coletadas mensalmente na Bacia do Rio Negro-AM para estudar suas propriedades no ambiente amazônico e interações com íons mercúrio, considerando a influência da variação sazonal na sua formação. Os parâmetros razões atômicas C/H, C/N e C/O, grupos funcionais, radicais livres do tipo semiquinona, pH, índices pluviométricos e fluviométricos, concentrações de mercúrio foram interpretados por análise hierárquica de cluster (AHC) e análise de componentes principais (ACP). As análises estatísticas mostraram que, quanto maior o índice pluviométrico e menor o índice fluviométrico maior o grau de humificação das substâncias húmicas aquáticas. A seguinte ordem decrescente do grau de humificação das SHA coletadas mensalmente pode ser estabelecida: Nov/02 a Fev/03 > Mar/02 a Mai/02 > Jun/02 a Out/02. As maiores concentrações de mercúrio foram determinadas nas amostras mais humificadas, sugerindo que devido a rearranjos inter e/ou intramoleculares, quanto maior o grau de humificação maior a afinidade dos íons Hg(II) pelas substâncias húmicas aquáticas.