Um método de espectrometria de massas sequencial com ionização por electrospray (IES-EM/EM) foi desenvolvido para identificação dos nucleosídeos e bases em extratos de ascídias. Para este fim realizamos um estudo sistemático de preparo de amostra associado à análise de fragmentação de uma série de nucleosídeos e bases em IES-EM/EM. Estas abordagens constituem ferramentas analíticas importantes para screening rápido e determinação estrutural de nucleosídeos e bases em extratos de ascídias, os quais podem auxiliar nos estudos ecológicos do gênero.