A determinação qualitativa e quantitativa de carotenóides pode fornecer diferentes e importantes informações sobre os organismos que os contêm. Na análise de pigmentos por HPLC diversos detectores podem ser utilizados, como diode array (DAD) e eletroquímico (ED). O presente trabalho tem como objetivo desenvolver um método por HPLC utilizando uma coluna C30 para a identificação e quantificação de dezesseis pigmentos em diferentes classes de algas, além de comparar as respostas obtidas nos detectores DAD e ED por meio da análise dos resultados de precisão e exatidão. Apesar do ED ser geralmente um detector mais sensível que o DAD, os resultados de precisão e exatidão foram mais satisfatórios para o DAD. O método desenvolvido foi eficiente para a análise quantitativa dos pigmentos de cianobactérias e diferentes classes de algas, sendo que o padrão cromatográfico encontrado em cada classe foi discutido.