Esteroides derivados de fontes fecal (coprostanol, epicoprostanol e coprostanona) e mista (colesterol, colestanol e colestanona) foram analisados em 19 amostras de sedimentos superficiais, coletados em duas amostragens, por cromatografia gasosa com detector de ionização de chama (GC/FID) para prover uma avaliação regional da contaminação por esgotos nos Rios Iguaçu e Barigui, no Sul do Brasil. As concentrações médias de coprostanol na coleta de verão (109 ± 122 µg g-1) e na de inverno (130 ± 116 µg g-1) em 2007, com máximo de ca. 330 µg g-1, caracterizam os sedimentos como altamente contaminados por material fecal. Razões diagnósticas usando compostos selecionados sugeriram que os efluentes domésticos são a principal fonte de contaminação, embora o esterco produzido em áreas rurais possa ter importância localizada. Os resultados mostraram que o lançamento de esgotos não tratados pode representar um risco para a saúde ambiental do sistema fluvial quando a capacidade do sistema para dispersar e diluir efluentes é reduzida em períodos de baixo fluxo de água.