Duas espécies novas de Microglanis são descritas de tributários do alto-médio rio Araguaia, estados do Mato Grosso e Goiás, Brasil. Microglanis oliveirai difere de seus congêneres pelo processo supraoccipital curto não atingindo a pequena placa nucal anterior, e número reduzido de rastros branquiais, poros da linha lateral, costelas, vértebras e raios da nadadeira caudal. Microglanis xylographicus difere de seus congêneres pela presença de melanóforos ao redor dos neuromastos alinhados superficialmente, comprimento do focinho 11,4-12,9% CP e padrão de colorido do corpo, formado por listras horizontais castanhas como marcas de casca de madeira. Uma chave de identificação de espécies de Microglanis da bacia Amazônica é apresentada.