A estocagem de suplementação de peixes em ambientes naturais é uma das maneiras de mitigar ou compensar as alterações impostas pelo represamento dos rios às populações selvagens. Pouco se conhece sobre a composição genética dos estoques repovoadores obtidos através do manejo reprodutivo com fertilizações com o uso de pool de sêmen, de maneira que este trabalho teve como objetivo verificar a contribuição individual de machos de jundiá (Rhamdia quelen) na progênie. O mesmo volume de sêmen de quatro machos foi misturado para fertilizar os ovócitos de uma única fêmea, sendo mantidos em três combinações com seis machos e três fêmeas. A proporção de larvas geradas de diferentes machos foi quantificada através de cinco marcadores microssatélites. A análise dos cinco locus permitiu a determinação da paternidade de 84% da progênie, com 0,972 de probabilidade de exclusão combinada. O sêmen dos reprodutores apresentou boa capacidade de fertilização quando utilizados separadamente, porém, quando utilizados em pool apresentaram capacidade de fertilização entre 4 a 65%. Os resultados revelam que o pool de sêmen favorece alguns machos sobre outros, reduzindo a variabilidade genética da progênie
