O rio Santo Antônio é um rio perene e de planície do Semi-árido brasileiro, sendo o principal tributário do alto curso do rio Paraguaçu, importante componente da bacia de drenagem da Chapada Diamantina. Neste trabalho foi avaliada a variação temporal na composição e abundância da ictiofauna em um trecho de seu médio curso. As amostras foram realizadas mensalmente entre agosto de 1998 e julho de 1999, utilizando-se apetrechos e artes de pesca padronizadas. Juntamente com a coleta dos peixes foram tomados os parâmetros ambientais de temperatura da água e do ar, transparência da água, profundidade máxima e média, largura e área do canal e velocidade da corrente. Análises estatísticas univariadas e multivariadas foram utilizadas visando detectar diferenças temporais significativas na abundância das espécies e nos parâmetros ambientais. A temperatura, a transparência e a profundidade do canal mostraram tendências opostas entre os períodos seco e chuvoso. A riqueza da comunidade de peixes (32) e a composição não variaram entre os dois períodos, entretanto espécies de maior porte capturadas por redes-de-espera foram mais abundantes no período chuvoso. Nós concluímos que as poucas mudanças nas condições hidrológicas do rio entre os dois períodos levaram a uma fraca resposta da comunidade de peixes local. Monitoramentos de longo prazo serão necessários pra acessar a real persistência da estrutura da comunidade de peixes neste rio perene do Semi-árido brasileiro.