Apesar de Panaqolus purusiensis ter sido descrita há quase 80 anos, sabe-se muito pouco sobre ela. O táxon foi descrito com base em um único exemplar. No entanto, pesquisas em catálogos de coleções ictiológicas revelaram mais dois exemplares que foram capturados junto com o holótipo, porém depositados em outros museus. Coletas recentes, incluindo a localidade-tipo, disponibilizaram mais espécimes. O exame deste material revelou que a espécie tem três padrões distintos de coloração dependendo do tamanho. Indivíduos com até 30 mm de comprimento padrão [CP] apresentam bandas regulares no corpo, nas nadadeiras e na cabeça, padrão de colorido comum em várias espécies de Panaqolus; indivíduos de 30-90 mm CP apresentam um padrão específico de coloração, com bandas claras mais finas; e acima de 90 mm CP o corpo é uniformemente escuro e somente as nadadeiras continuam expondo bandas. As espécies mais parecidas com P. purusiensis são P. changae, P. gnomus, P. maccus e P. nocturnus. As três primeiras podem facilmente ser distinguidas pelo padrão de coloração e pelas proporções do corpo, porém, exemplares de P. nocturnus com mais que 90 mm CP são muito parecidos com P. purusiensis do mesmo tamanho, dificultando a identificação.
