Amostras de sete diferentes localidades do gênero Pimelodella foram geneticamente analisadas, duas cavernícolas (exclusivamente subterrâneas, alto rio Tocantins e rio São Francisco) e cinco epígeas (provenientes da bacia do alto Paraná). Análises citogenéticas revelaram o mesmo número diploide (2n=46) para todas as espécies, além de similaridades no número e localização das regiões organizadoras de nucléolo e bandas C. FISH com sondas de rDNA 5S e marcação com CMA3 indicaram diferenças significativas entre as espécies estudadas. A aplicação da técnica de PCR-RFLP nos genes mitocondriais ATPase 6 e 8 permitiu a construção de um fenograma de evolução mínima identificando uma estreita relação evolutiva entre as espécies estudadas.
