Astyanax altiparanae, recentemente descrita, é comum na bacia do alto rio Paraná, tendo sido registrada recentemente na bacia do rio Iguaçu. Entretanto, sua origem natural no rio Iguaçu é questionável. No presente trabalho algumas características cariotípicas e morfológicas de duas populações de Astyanax altiparanae do rio alto rio Tibagi e alto rio Iguaçu foram comparadas. Ambas as populações mostraram 2n=50 cromossomos e diferenças nas suas fórmulas de cariotípicas, cromossomos portadores das regiões organizadoras de nucléolos e localização da heterocromatina. Dados morfométricos das duas populações foram analisados para variáveis canônicas livres de tamanho. Os dados citogenéticos e morfológicos foram coincidentes e mostraram marcas exclusivas que refletem o grau de isolamento populacional. Em adição a outros dados geográficos, morfológicos e moleculares em populações de A. altiparanae do baixo rio Iguaçu e tributários do rio Paraná acima da represa de Itaipu (Sul do Brasil), os presentes resultados indicam que as duas populações analisadas neste estudo pertençam a diferentes estoques. A presença desta espécie ao longo da bacia do rio Iguaçu pode ser uma conseqüência de uma história evolutiva complexa e pouco conhecida.
