Objetivando caracterizar os eixos embrionários de sementes de espécies de Fabaceae e fornecer subsídios para trabalhos de sistemática e filogenia desta família, foram estudados aspectos morfológicos e anatômicos dos embriões, especialmente dos eixos embrionários, de 15 espécies arbóreas nativas, buscando correlações entre sua estrutura e a afinidade entre os diferentes gêneros e destes nas tribos. Observaram-se cotilédones foliáceos nas espécies de Caesalpinioideae, carnosos nas Faboideae e dos dois tipos nas Mimosoideae. Os eixos embrionários variaram de curtos a longos, sendo sempre retos nas espécies de Caesalpinioideae e Mimosoideae; nas Faboideae, encontraram-se eixos embrionários curvos ou inclinados. A plúmula variou de indiferenciada a diferenciada, o primeiro tipo ocorrendo em espécies sem epicótilo e o último disposto sobre epicótilo alongado. Anatomicamente, a protoderme se mostrou indiferenciada na maioria das espécies, podendo ocorrer tricomas em diferenciação (Caesalpinia leiostachya, Centrolobium tomentosum e Anadenanthera macrocarpa), papilas (Platypodium elegans) e tricomas tectores e glandulares diferenciados (Inga urugüensis). O procâmbio se manteve indiferenciado. O meristema fundamental mostrou acúmulo de amido em todas as espécies, ocorrendo drusas em Peltophorum dubium e cristais poliédricos isolados em Inga urugüensis e em Lonchocarpus muehlbergianus. Esta última espécie apresentou, ainda, estruturas secretoras na região do nó cotiledonar.