Envolvimento do sistema digestório em pacientes com síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS) é frequente e muitas alterações nesses pacientes são diagnosticadas apenas à autopsia. Há escassos estudos de autopsia com análise detalhada desse sistema e apenas um deles foi realizado no Brasil. Neste estudo avaliamos cada segmento do sistema digestório em 93 autopsias consecutivas de indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) e a importância dessas lesões para o óbito. Desses, 90 (96,8%) pacientes apresentavam AIDS. Revisamos prontuários médicos, relatórios de autopsias e cortes histológicos da língua ao reto corados pela técnica de hematoxilina-eosina. Quando necessário, analisamos colorações especiais e imuno-histoquímica para pesquisar infecções. Havia lesões no sistema digestório em 73 (78,5%) casos. As alterações mais comuns foram infecciosas: candidíase (42%), citomegalovirose (29%), histoplasmose (11,8%), toxoplasmose (9,7%) e infecção por micobactérias (9,7%). Neoplasias malignas foram raras, presentes em quatro (4,3%) casos (dois sarcomas de Kaposi, um adenocarcinoma gástrico e um carcinoma embrionário metastático). Todos os segmentos apresentaram lesões: língua (48,6%), esôfago (44,8%), estômago (44,7%), intestino grosso (43,2%) e intestino delgado (28,9%). As lesões encontradas foram causa imediata do óbito em cinco (5,4%) casos. Em outros 36 (38,7%) casos a doença básica era sistêmica comprometendo, também, o sistema digestório.