Rickettsia typhi es el agente causal del tifo murino; una enfermedad zoonótica transmitida por vector mundialmente distribuida, comúnmente asociada con la presencia de roedores domésticos y silvestres. Los casos humanos de tifo murino en el Estado de Yucatán son frecuentes. Sin embargo, no existe evidencia de la presencia de Rickettsia typhi en mamíferos o vectores en Yucatán. En la búsqueda de vectores y reservorios de Rickettsia typhi, evaluamos la presencia de bacterias del género Rickettsia en roedores y sus ectoparásitos de un pequeño municipio del estado de Yucatán por medio de técnicas de PCR convencional y secuenciación de ADN. Se identificó la presencia de Rickettsia typhi en muestras de sangre obtenidas de Rattus rattus y reportamos por primera vez la presencia de Rickettsia felis en la pulga Polygenis odiosus colectado de Ototylomys phyllotis. Complementariamente, Rickettsia felis fue detectado en la pulga Ctenocephalides felis parasitando al roedor Peromyscus yucatanicus. No se identificó especie de Rickettsia en las muestras de sangre de O. phyllotis y P. yucatanicus analizados. Nuestros resultados contribuyen también en el conocimiento de ciclo de vida biológico del género Rickettsia.