Foram cultivadas fezes de 620 indivíduos para a pesquisa de amebas de vida livre, sendo 514 pacientes do Hospital Universitário Pedro Ernesto (UERJ) e 106 crianças e adultos de um orfanato. Foram positivas 70 amostras (11,2%) sendo 55 provenientes de pacientes do HU-UERJ e 15 de internos do orfanato. Foram isoladas 60 amostras de Acanthamoeba, 6 de Vahlkampfia, 5 de Hartmannella e 1 Echinamoeba. Alguns indivíduos tiveram cultura de fezes repetidamente positiva para Acanthamoeba durante dois meses de observação. Das amostras de Acanthamoeba isoladas, 28 foram inoculadas em camundongos por via intranasal, tendo sido reisoladas 16 (57,1%) amostras à partir de cérebro e (ou) pulmões dos animais. O estudo histopatológico demonstrou processo inflamatório agudo com presença de polimorfonucleares e amebas no cérebro e pulmões de alguns animais. O encontro de amostras patogênicas em fezes humanas reforça a hipótese do eventual desenvolvimento, em indivíduos portadores, de meningoencefalite amebiana granulomatosa, como infecção oportunística de origem endógena.