No presente trabalho, o desempenho da técnica de Imunoseparação Magnética, acoplada à Imunofluorescência (IMS-IFA), foi comparado com aqueles das técnicas parasitológicas de FAUST et al. e de Lutz na detecção de cistos de Giardia lamblia em fezes humanas. Foram processadas 127 amostras de fezes pelas três técnicas paralelamente e a detecção de cistos foi de 27,5% para IMS-IFA e de 15,7% para as técnicas de FAUST et al. e de Lutz concomitantemente. A análise dos resultados mostrou maior sensibilidade da IMS-IFA na detecção de cistos de G. lamblia quando comparada aos métodos de FAUST et al. e Lutz. A utilização desta metodologia como procedimento de rotina proporciona o processamento de várias amostras simultaneamente, além de aumentar a recuperação de cistos de G. lamblia e reduzir o tempo de estocagem das amostras.