A detecção do genoma do HBV no soro por hibridização molecular é o mais sensível e específico marcador da replicação e infectividade do HBV, sendo sua utilização proposta como técnica rotineira no acompanhamento de doenças relacionadas a este vírus. Comparando diferentes técnicas descritas anteriormente, escolhemos a deposição direta das amostras séricas sobre a membrana de nitrocelulose sob filtração a vácuo, seguida de banhos desnaturantes e neutralisantes como mais prática e simples, com sensibilidade equivalente. O ensaio da DNA polimerase usando ácido fosfonofórmico como inibidor virai específico mostrou 86.8% de concordância com a detecção direta do DNA viral, sendo, portanto, uma alternativa viável no acompanhamento de pacientes com hepatite crônica B. Encontramos 19,2% das amostras AgHBe positivos sem outros marcadores de replicação viral. Por outro lado, nenhuma amostra anti-HBe positiva teve HBV-DNA detectável. Discordância entre estes dois sistemas foi extensamente descrita, e confirmamos pela primeira vez este fato em pacientes com hepatite crônica B em nosso país. Técnicas de biologia molecular são, portanto, fundamentais na determinação da replicação viral em cada paciente.