A imunofluorescência indireta (IFI) de sorotipos enteropatogênicos clássicos e invasores de E. coli e de Shigella foi comparada com os métodos tradicionais de coprocultura e soroaglutinação. Os resultados da IFI concordaram com os da coprocultura em 128 dos 140 casos testados para E. coli enteropatogênica (91%) e em 108 dos 112 testados para Shigella (96%). Todos os casos com reações positivas por coprocultura foram confirmados por IFI. No grupo controle, onde não haviam sido isolados tais patógenos por coprocultura, foram evidenciados por IFI, 12 casos com reações positivas para E. coli enteropatogênica e 4 para Shigella, incluindo-se 2 com infecção mista: E. coli 026/Sh. dysenteriae e E. coli 0124/Sh. dysenteriae. Foi discutida a alta sensibilidade e especificidade da IFI quando comparada aos métodos tradicionais, sendo sugerido o valor desta técnica em estudos epidemiológicos envolvendo os microrganismos em questão e sua importância no estabelecimento de diagnóstico precoce na diarréia infantil aguda.