Embora a gota espessa corada por Giemsa (GTS) permaneça o padrão ouro para o diagnóstico de malária, métodos moleculares são mais sensíveis e específicos para detectar parasitas e podem ser utilizados em centros de referência para avaliar o desempenho da microscopia. A descrição das seqüências dos genes ssrRNA de Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae e P. ovale permitiu o desenvolvimento de uma reação em cadeia da polimerase (PCR) que tem sido utilizada para diferenciar as quatro espécies. O objetivo deste estudo foi determinar as espécies de Plasmodium através de PCR em 190 lâminas positivas de pacientes para verificar a qualidade do diagnóstico realizado no Laboratório de Malária da SUCEN. Considerando somente os 131 resultados positivos em ambas as técnicas, GTS detectou 4,6% de infecções mistas e 3,1% de P. malariae enquanto o PCR identificou 19,1% e 13,8%, respectivamente.